自貿(mào)區(qū)注冊(cè)公司主要有三個(gè)方面的好處：一是辦事流程簡(jiǎn)化；二是進(jìn)出口稅收政策優(yōu)惠；三是未來多項(xiàng)金融政策的創(chuàng)新優(yōu)勢(shì)。

首先，在辦事流程上，自貿(mào)區(qū)有著工商一站式受理三證，注冊(cè)資本認(rèn)繳制等簡(jiǎn)化流程和縮短辦理周期的優(yōu)惠措施。如此一來，這其中為創(chuàng)業(yè)者注冊(cè)公司節(jié)省了很多時(shí)間，進(jìn)一步降低了注冊(cè)公司的門檻。

其次，自貿(mào)區(qū)繼承了原本外高橋保稅區(qū)實(shí)行的外貿(mào)關(guān)稅政策，在上海自貿(mào)區(qū)內(nèi)注冊(cè)公司，所有的進(jìn)口貨物可以先不用交關(guān)稅(只需要等待貨物離開自貿(mào)區(qū)時(shí)再交)，而轉(zhuǎn)口貿(mào)易的關(guān)稅則全免。上海自貿(mào)區(qū)注冊(cè)公司，任何商品(除武器、毒品及有污染的物品之外)均可被允許無期限保稅存放或展示，海關(guān)不征收任何監(jiān)管費(fèi)用。自貿(mào)區(qū)公司所有的貨幣都可以自由兌換，不用結(jié)匯、減少匯率差。而且貨幣可以自由劃轉(zhuǎn)。這些都是進(jìn)出口和外資企業(yè)所看好的“重頭戲”。

另外，自貿(mào)區(qū)的稅收和退稅比例還實(shí)行了“兩免三減半”的政策，即外商投資企業(yè)可享受從獲利年度起2 年免征、3 年減半征收企業(yè)所得稅的待遇。而公司注冊(cè)的年和第二年：增值稅返稅率高達(dá)16.25%;企業(yè)所得稅返稅率為20% ;營(yíng)業(yè)稅返稅率為：32%。這些高返稅政策無疑是其他地方所不能比擬的。