高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關(guān)部門申請進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表進(jìn)行審計，并出具專項審計報告。

要求識別和評估申報明細(xì)表層次以及各類交易、列報認(rèn)定層次的重大錯報風(fēng)險。申報明細(xì)表層次重大錯報風(fēng)險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業(yè)不能提供研究開發(fā)項目的相關(guān)計劃與實施方案、研究開發(fā)記錄，申報明細(xì)表整體上就可能存在重大錯報風(fēng)險。申報明細(xì)表層次重大錯報風(fēng)險很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細(xì)表所依據(jù)的會計記錄或相關(guān)文件。

在財務(wù)報表審計中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出相關(guān)的內(nèi)部控制。《專項審計指引》強調(diào)研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進(jìn)行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準(zhǔn)確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通常可能包括的主要活動，如立項和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項管理等。

對于市場中的企業(yè)來說，其大多知曉企業(yè)申請成為高新技術(shù)企業(yè)的重要意義。并且，企業(yè)申請成為高新技術(shù)企業(yè)，具備諸多好處和優(yōu)勢。因此，很多符合條件和要求的企業(yè)，都會有著申請成為高新技術(shù)企業(yè)的意愿與訴求。而這，就需要開展高新技術(shù)企業(yè)審計。