高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

不論企業(yè)以前年度財務報表是否委托注冊會計師進行審計，還是專項審計與年度財務報表審計是否為同一家會計師事務所承接，專項審計都可以按照《專項審計指引》獨立實施審計程序。如果結合以前年度財務報表審計，確定的重要性水平應當?shù)陀谙鄳攧請蟊韺徲嫷闹匾运?，確定審計范圍時應當考慮擬利用以前年度財務報表審計工作中獲取的審計證據(jù)的程度。需要注意的是，應當結合具體環(huán)境考慮重要性的性質和數(shù)量兩方面的因素。

與高新技術產品(服務)收入相關的內部控制包含在企業(yè)產品或服務的銷售控制中，而如高新技術產品(服務)收入與研究開發(fā)激勵或與銷售獎勵相關聯(lián)時，企業(yè)一般會設計或增加相應的控制環(huán)節(jié)。注冊會計師審計時，需要了解申報企業(yè)能否確保銷售均已準確記錄并對高新技術產品(服務)進行恰當分類。

基于申請高新技術企業(yè)認定的目的，申報企業(yè)通常將近三個會計年度研究開發(fā)費用結構明細表和近一年高新技術產品(服務)收入明細表的專項審計同時委托給一家會計師事務所，《專項審計指引》要求，針對研究開發(fā)費用結構明細表和高新技術產品(服務)收入明細表分別出具專項審計報告。