高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計，出具審計專項(xiàng)報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會等相關(guān)。

不論企業(yè)以前年度財務(wù)報表是否委托注冊會計師進(jìn)行審計，還是專項(xiàng)審計與年度財務(wù)報表審計是否為同一家會計師事務(wù)所承接，專項(xiàng)審計都可以按照《專項(xiàng)審計指引》獨(dú)立實(shí)施審計程序。如果結(jié)合以前年度財務(wù)報表審計，確定的重要性水平應(yīng)當(dāng)?shù)陀谙鄳?yīng)財務(wù)報表審計的重要性水平，確定審計范圍時應(yīng)當(dāng)考慮擬利用以前年度財務(wù)報表審計工作中獲取的審計證據(jù)的程度。需要注意的是，應(yīng)當(dāng)結(jié)合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量兩方面的因素。

在財務(wù)報表審計中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費(fèi)用支出相關(guān)的內(nèi)部控制?！秾ｍ?xiàng)審計指引》強(qiáng)調(diào)研究開發(fā)費(fèi)用控制通常屬于申報企業(yè)費(fèi)用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費(fèi)用控制進(jìn)行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費(fèi)用完整性、發(fā)生、準(zhǔn)確性和分類的控制點(diǎn)。同時，《專項(xiàng)審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通?？赡馨ǖ闹饕顒?，如立項(xiàng)和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項(xiàng)管理等。

基于申請高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的目的，申報企業(yè)通常將近三個會計年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表的專項(xiàng)審計同時委托給一家會計師事務(wù)所，《專項(xiàng)審計指引》要求，針對研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表分別出具專項(xiàng)審計報告。