高新技術(shù)企業(yè)專項審計，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認定辦法相關(guān)規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入情況進行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復審使用。提供給科委、財政、稅務、工商單位及管理層和董事會等相關(guān)。

高新技術(shù)企業(yè)專項審計工作從業(yè)務承接到完成通常要經(jīng)過以下步驟：

1、會計師事務所和高新技術(shù)企業(yè)專項審計單位進行初步溝通了解，確定高新技術(shù)企業(yè)專項審計目的、審計范圍、審計收費等；并簽訂業(yè)務約定書；

2、會計師事務所安排項目組，下發(fā)委托方高新技術(shù)企業(yè)專項審計準備的資料清單；

3、被審高新技術(shù)企業(yè)專項審計單位按照資料清單準備相關(guān)審計資料，并確定現(xiàn)場審計時間。

4、現(xiàn)場審計階段；

5、審計情況匯總和形成審計報告初稿；

6、與被審高新技術(shù)企業(yè)專項審計單位交換意見；

7 、出具正式審計報告。

申報明細表又區(qū)別于年度財務報表。企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入明細表是按照《高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法》和《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》編制的，其列報的數(shù)據(jù)可以直接反映出企業(yè)是否滿足認定條件。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)，在專項審計中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)的具體范圍是申報企業(yè)的責任。

(2)申報企業(yè)技術(shù)負責人與企業(yè)法定代表人、財務負責人共同簽署《管理當局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應當清楚地說明向具體審計領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復雜的研究開發(fā)項目技術(shù)問題利用專家的工作。