高新技術企業(yè)專項審計，是依據(jù)高新技術企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術產品（服務）收入情況進行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術企業(yè)或高新技術企業(yè)復審使用。提供給科委、財政、稅務、工商單位及管理層和董事會等相關。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術產品(服務)，在專項審計中都涉及高新技術的識別。注冊會計師不是高新技術領域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術產品(服務)的具體范圍是申報企業(yè)的責任。

(2)申報企業(yè)技術負責人與企業(yè)法定代表人、財務負責人共同簽署《管理當局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應當清楚地說明向具體審計領域調配的資源，包括就復雜的研究開發(fā)項目技術問題利用專家的工作。

要求識別和評估申報明細表層次以及各類交易、列報認定層次的重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業(yè)不能提供研究開發(fā)項目的相關計劃與實施方案、研究開發(fā)記錄，申報明細表整體上就可能存在重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細表所依據(jù)的會計記錄或相關文件。

對于市場中的企業(yè)來說，其大多知曉企業(yè)申請成為高新技術企業(yè)的重要意義。并且，企業(yè)申請成為高新技術企業(yè)，具備諸多好處和優(yōu)勢。因此，很多符合條件和要求的企業(yè)，都會有著申請成為高新技術企業(yè)的意愿與訴求。而這，就需要開展高新技術企業(yè)審計。