高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關(guān)部門申請進行高新技術(shù)企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

不論企業(yè)以前年度財務(wù)報表是否委托注冊會計師進行審計，還是專項審計與年度財務(wù)報表審計是否為同一家會計師事務(wù)所承接，專項審計都可以按照《專項審計指引》獨立實施審計程序。如果結(jié)合以前年度財務(wù)報表審計，確定的重要性水平應(yīng)當?shù)陀谙鄳?yīng)財務(wù)報表審計的重要性水平，確定審計范圍時應(yīng)當考慮擬利用以前年度財務(wù)報表審計工作中獲取的審計證據(jù)的程度。需要注意的是，應(yīng)當結(jié)合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量兩方面的因素。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專項審計中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報企業(yè)的責任。

(2)申報企業(yè)技術(shù)負責人與企業(yè)法定代表人、財務(wù)負責人共同簽署《管理當局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應(yīng)當清楚地說明向具體審計領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復(fù)雜的研究開發(fā)項目技術(shù)問題利用專家的工作。

要求識別和評估申報明細表層次以及各類交易、列報認定層次的重大錯報風(fēng)險。申報明細表層次重大錯報風(fēng)險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業(yè)不能提供研究開發(fā)項目的相關(guān)計劃與實施方案、研究開發(fā)記錄，申報明細表整體上就可能存在重大錯報風(fēng)險。申報明細表層次重大錯報風(fēng)險很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細表所依據(jù)的會計記錄或相關(guān)文件。