高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

高新技術企業(yè)是指在《國家重點支持的高新技術領域》內，持續(xù)進行研究開發(fā)與技術成果轉化，形成企業(yè)核心自主知識產權，并以此為基礎開展經營活動，在中國境內(不包括港、澳、臺地區(qū))注冊一年以上的居民企業(yè)。它是知識密集、技術密集的經濟實體。

申報明細表與年度財務報表相關聯(lián)，是指企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用結構明細表和近一年高新技術產品(服務)收入明細表的相關數據包含在已審計的年度財務報表中，兩者適用的會計準則或會計制度是一致的，在相關會計政策、會計估計方面不存在差異。

要求針對研究開發(fā)項目和高新技術產品(服務)了解申報企業(yè)及其環(huán)境，比如，了解申報企業(yè)產品(服務)的技術變化，了解申報企業(yè)研究開發(fā)部門的設置和分布，以及是否存在專門的機構和人員從事研究開發(fā)活動，了解申報企業(yè)為從事研究開發(fā)活動而進行的固定資產投入以及為這些投入而使用的資金的來源，了解申報企業(yè)是否確立了創(chuàng)建科技創(chuàng)新型企業(yè)的發(fā)展戰(zhàn)略，了解申報企業(yè)是否將高新技術產品(服務)收入作為主要的業(yè)績考核指標。