財務軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務軟件來替代手工記賬。

會計資料交接麻煩、不夠規(guī)范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續(xù)，發(fā)現(xiàn)遺失或毀損時無法查找。

代理記賬機構必須有3名以上持有會計從業(yè)資格證書的專職從業(yè)人員，且主管代理記賬業(yè)務的負責人必須具有會計師以上專業(yè)技術職稱資格。但實際執(zhí)行中，相當部分的代理記賬機構不符合此規(guī)定。

委托代理記賬的委托人應當履行下列義務：

（1）對本單位發(fā)生的經濟業(yè)務事項，應當填制或者取得符合國家統(tǒng)一的會計制度規(guī)定的原始憑證；

（2）應當配備專人負責日常貨幣收支和保管；

（3）及時向代理記賬機構提供真實、完整的原始憑證和其他相關資料；

（4）對于代理記賬機構退回的要求按照國家統(tǒng)一的會計制度規(guī)定進行更正、補充的原始憑證，應當及時予以更正、補充。

一般，代理機構會提供以下業(yè)務：

1、整理原始單據(jù)、記賬憑證；

2、出具財務報表（資產負債表、損益表）；

3、每月納稅申報及稅款交納，年度所得稅匯算清繳；

4、新公司國地稅報到等；

另外，有些機構可以提供免費的每月報稅短信通知，郵件通知服務。