財務軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務軟件來替代手工記賬。

會計資料交接麻煩、不夠規(guī)范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續(xù)，發(fā)現遺失或毀損時無法查找。

代理記賬機構的數量在不斷增加，但整體規(guī)模普遍較小，代理業(yè)務范圍不寬。真正能提供受托單位會計核算、稅收籌劃、納稅申報、內部審計、工商稅務注冊年檢、財稅咨詢等會計服務的機構很少。

在收費標準上，各家代理記賬機構懸殊較大，有些代理記賬機構甚至通過低價進行惡意競爭，還有部分代理記賬機構自身的經營收入核算不規(guī)范，隱匿收入現象也較普遍。

一般，代理機構會提供以下業(yè)務：

1、整理原始單據、記賬憑證；

2、出具財務報表（資產負債表、損益表）；

3、每月納稅申報及稅款交納，年度所得稅匯算清繳；

4、新公司國地稅報到等；

另外，有些機構可以提供免費的每月報稅短信通知，郵件通知服務。