醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？疲儜B(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

青光眼科有博士研究生導師一人，碩士研究生導師兩人;有正高級職稱人員5人，副高級職稱人員人9人;青光眼科常年承擔首都醫(yī)科大學及首都醫(yī)科大學國際學院本科生、研究生、國際學生的臨床授課任務;青光眼科每日的平均門診病人量200-300人次，科室開放床數(shù)52張，年手術量超過3000臺，青光眼科住院部的床位使用率常年超過，術前平均住院日低于4天，各項醫(yī)療指標位居全國前列。其中2/3的患者來自外地，每年培養(yǎng)研究生和進修醫(yī)生近百名。

作為具有同仁特色的科室，眼外傷?？铺貏e注意與口腔頜面外科、神經(jīng)外科、鼻科等兄弟?？频暮献鳎诮徊鎻秃蠈W科發(fā)展上在國內(nèi)獨樹一幟。眼外傷專科與耳鼻喉科成立了鼻眼相關中心，聯(lián)合開展了復合路徑下的眶壁骨折整復術、多重療法的視神經(jīng)管減壓術、合并鼻骨骨折的鼻淚道手術和眶-鼻竇異物取出、眶面復合創(chuàng)傷多學科多層次多斷面聯(lián)合;與神經(jīng)外科合作，率先開拓經(jīng)顱顯微視神經(jīng)管減壓開放術、眶顱異物取出術，大大提高了手術成功率。

角膜塑形鏡門診現(xiàn)設立在北京同仁醫(yī)院崇文門院區(qū)東區(qū)一樓視光中心門診，隸屬眼科醫(yī)學視光中心，現(xiàn)有醫(yī)生6人，均為副高以上職稱，專業(yè)擅長為眼視光醫(yī)學及角膜病學，在復雜角膜屈光問題，近視眼防控，角膜塑形鏡驗配，硬性角膜接觸鏡(RGP)驗配等領域具有豐富的臨床經(jīng)驗。

服務人群：18-55歲的近視、散光、遠視等屈光不正，希望通過手術矯正獲得更好視覺體驗的患者。