北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫(yī)院主體并稱“一院三所”，成為集醫(yī)療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫(yī)療科研聯(lián)合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態(tài)反應(鼻過敏)科為原國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。首都醫(yī)科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在院內(nèi)。醫(yī)院設有世界衛(wèi)生組織防盲合作中心和世界衛(wèi)生組織防聾合作中心，附設北京同仁眼庫(國際眼庫協(xié)會會員)。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？瞥闪⒂?968年，是國內(nèi)早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷?？?。北京同仁眼外傷?？萍夹g力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經(jīng)驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內(nèi)的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術量達5000人次以上。

近年來眼外傷專科在國內(nèi)率先開展各種眼外傷、眼底病的診治新技術，包括顯微眼內(nèi)窺鏡下的視網(wǎng)膜脫離復位、眼內(nèi)異物取出以及眼內(nèi)窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術，在“微創(chuàng)意識”引領下積極開展微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術，以小侵襲或損傷達到佳手術療效。另外開展虹膜瞳孔損傷修復、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術聯(lián)合角膜移植、各類兒童玻璃體視網(wǎng)膜病變的微創(chuàng)玻璃體手術、兒童復雜眼外傷的微創(chuàng)玻璃體手術、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。

北京同仁醫(yī)院眼科屈光手術中心在原衛(wèi)生部的批準和支持下，于1993年率先在國內(nèi)開展了近視眼、遠視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術。時至今日，已成為國內(nèi)每年完成屈光矯正類手術門診和手術總量多的屈光?？?，是國內(nèi)，具有國際影響力的屈光手術診療中心之一。

中心擁有一支實力雄厚的專業(yè)技術團隊，現(xiàn)有醫(yī)生8人，醫(yī)技9人，驗光師2人，護士1人。具有博士學歷人員5人、碩士學歷人員7人、本科學歷人員8人。其中教授和主任醫(yī)師3人，副教授和副主任醫(yī)師4人，主治醫(yī)師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導師1人，已培養(yǎng)博士研究生、碩士研究生100余人，進修醫(yī)生百余名。

為了大限度滿足患者門診、手術的需求，中心實行全年無限號門診，2017年門診量達6萬多人次，年手術量近1.5萬例。技術團隊多年來積累了大量的臨床手術及并發(fā)癥處理方面的經(jīng)驗。