北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫(yī)院主體并稱“一院三所”，成為集醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防、國際交流五位一體的醫(yī)療科研聯(lián)合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學(xué)科，變態(tài)反應(yīng)(鼻過敏)科為原國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學(xué)為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學(xué)科。首都醫(yī)科大學(xué)北京眼科學(xué)院和耳鼻咽喉科學(xué)院設(shè)在院內(nèi)。醫(yī)院設(shè)有世界衛(wèi)生組織防盲合作中心和世界衛(wèi)生組織防聾合作中心，附設(shè)北京同仁眼庫(國際眼庫協(xié)會會員)。

醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應(yīng)科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點專科，變態(tài)反應(yīng)科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學(xué)為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學(xué)科。

北京同仁醫(yī)院眼底專科引領(lǐng)國內(nèi)眼底病的發(fā)展方向，在國內(nèi)率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網(wǎng)膜脫離的手術(shù)，開展了玻璃體視網(wǎng)膜顯微手術(shù)，創(chuàng)新了視網(wǎng)膜中央動脈栓塞的玻璃體手術(shù)，在驅(qū)逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼和局部切除手術(shù)等多個方面處于國內(nèi)和國際前沿。

北京同仁醫(yī)院眼外傷專科集幾代眼外傷人的總結(jié)積累、幾十年的臨床實踐診治經(jīng)驗，業(yè)已形成一套具有自身特色的、在國內(nèi)外業(yè)界具有良好口碑的眼外傷診斷常規(guī)，現(xiàn)已發(fā)展成為我國規(guī)模大、綜合技術(shù)力量強的眼外傷專科。眼外傷?？瞥_展一般常見疾病手術(shù)如：白內(nèi)障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環(huán)脫位半脫位復(fù)位、玻璃體切除，眼內(nèi)異物取出，視網(wǎng)膜嵌頓、視網(wǎng)膜脫離復(fù)位等手術(shù)外，還廣泛開展了各種復(fù)雜眼外傷的前后段聯(lián)合手術(shù)，善于接診各類眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復(fù)雜玻璃體視網(wǎng)膜病變、眼前節(jié)紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復(fù)雜性虹膜睫狀體病變以及嚴重眼化學(xué)傷等眼外傷相關(guān)疾病的診治水平處于國際水平，是國內(nèi)復(fù)雜性眼外傷患者的轉(zhuǎn)診中心，使許多以往無法醫(yī)治的眼底、眼外傷復(fù)雜疑難病癥得到成功的救治。