1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛(wèi)理公會”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。

1899年，“衛(wèi)理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購?fù)自褐?，開始籌備興建工程。

1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結(jié)核病。

1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設(shè)在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。

1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫(yī)學(xué)會的資助，聘請美國醫(yī)生潘提司先生來院工作，設(shè)立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學(xué)校。

1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀(jì)念醫(yī)院”。

1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長被迫離職。

1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。

1945年11月14日，衛(wèi)理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會收回了醫(yī)院，恢復(fù)使用同仁醫(yī)院的名稱。

1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領(lǐng)導(dǎo)下，醫(yī)院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團(tuán)。

1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設(shè)了婦產(chǎn)科、小兒科。

1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。

1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。

1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。

1959年，眼科研究所成立，設(shè)有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。

1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。

1979年，醫(yī)院復(fù)名“北京市同仁醫(yī)院”。

1994年，更名為“首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院”。

北京同仁醫(yī)院眼底?？片F(xiàn)有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國內(nèi)規(guī)模大、綜合實力強(qiáng)的眼底病團(tuán)隊。團(tuán)隊骨干擁有各自明確的臨床專長和相關(guān)研究方向，在視網(wǎng)膜脫離、糖尿病視網(wǎng)膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復(fù)雜眼底病的臨床領(lǐng)域處于國際前沿。

北京同仁醫(yī)院眼底?？埔I(lǐng)國內(nèi)眼底病的發(fā)展方向，在國內(nèi)率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網(wǎng)膜脫離的手術(shù)，開展了玻璃體視網(wǎng)膜顯微手術(shù)，創(chuàng)新了視網(wǎng)膜中央動脈栓塞的玻璃體手術(shù)，在驅(qū)逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼和局部切除手術(shù)等多個方面處于國內(nèi)和國際前沿。

近年來眼外傷專科在國內(nèi)率先開展各種眼外傷、眼底病的診治新技術(shù)，包括顯微眼內(nèi)窺鏡下的視網(wǎng)膜脫離復(fù)位、眼內(nèi)異物取出以及眼內(nèi)窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術(shù)，在“微創(chuàng)意識”引領(lǐng)下積極開展微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術(shù)，以小侵襲或損傷達(dá)到佳手術(shù)療效。另外開展虹膜瞳孔損傷修復(fù)、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術(shù)聯(lián)合角膜移植、各類兒童玻璃體視網(wǎng)膜病變的微創(chuàng)玻璃體手術(shù)、兒童復(fù)雜眼外傷的微創(chuàng)玻璃體手術(shù)、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。