1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛(wèi)理公會”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。
1899年，“衛(wèi)理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購妥院址，開始籌備興建工程。
1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結核病。
1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。
1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫(yī)學會的資助，聘請美國醫(yī)生潘提司先生來院工作，設立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學校。
1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀念醫(yī)院”。
1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長被迫離職。
1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。
1945年11月14日，衛(wèi)理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會收回了醫(yī)院，恢復使用同仁醫(yī)院的名稱。
1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領導下，醫(yī)院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團。
1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設了婦產(chǎn)科、小兒科。
1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。
1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。
1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。
1959年，眼科研究所成立，設有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。
1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。
1979年，醫(yī)院復名“北京市同仁醫(yī)院”。
1994年，更名為“首都醫(yī)科大學附屬北京同仁醫(yī)院”。
在臨床相關研究方面，眼底專科開展了增生性玻璃體視網(wǎng)膜病變發(fā)病機制的研究，視網(wǎng)膜下人工假體植入技術及組織相容性研究，高度近視眼致病基因定位及蛋白質(zhì)組學分析，黃斑營養(yǎng)不良的致病基因定位研究，年齡相關性黃斑變性發(fā)病危險因素和早期干預研究，以及眼病的流行病學研究等。持續(xù)不斷的獲得了多項及省部級課題經(jīng)費的支持。發(fā)表了系列高質(zhì)量研究論文，形成了同仁品牌效應和國際影響力。北京同仁醫(yī)院眼底專科堅持以臨床服務為根本，以科研創(chuàng)新為導向，醫(yī)療、教學、科研、預防發(fā)展的目標，推動了創(chuàng)新型的科學研究工作的持續(xù)開展和學科臨床服務水平的不斷提高。
北京同仁醫(yī)院眼外傷?？萍瘞状弁鈧说目偨Y積累、幾十年的臨床實踐診治經(jīng)驗，業(yè)已形成一套具有自身特色的、在國內(nèi)外業(yè)界具有良好口碑的眼外傷診斷常規(guī)，現(xiàn)已發(fā)展成為我國規(guī)模大、綜合技術力量強的眼外傷?？?。眼外傷專科除開展一般常見疾病手術如：白內(nèi)障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環(huán)脫位半脫位復位、玻璃體切除，眼內(nèi)異物取出，視網(wǎng)膜嵌頓、視網(wǎng)膜脫離復位等手術外，還廣泛開展了各種復雜眼外傷的前后段聯(lián)合手術，善于接診各類眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復雜玻璃體視網(wǎng)膜病變、眼前節(jié)紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復雜性虹膜睫狀體病變以及嚴重眼化學傷等眼外傷相關疾病的診治水平處于國際水平，是國內(nèi)復雜性眼外傷患者的轉診中心，使許多以往無法醫(yī)治的眼底、眼外傷復雜疑難病癥得到成功的救治。
角膜塑形鏡門診現(xiàn)設立在北京同仁醫(yī)院崇文門院區(qū)東區(qū)一樓視光中心門診，隸屬眼科醫(yī)學視光中心，現(xiàn)有醫(yī)生6人，均為副高以上職稱，專業(yè)擅長為眼視光醫(yī)學及角膜病學，在復雜角膜屈光問題，近視眼防控，角膜塑形鏡驗配，硬性角膜接觸鏡(RGP)驗配等領域具有豐富的臨床經(jīng)驗。
服務人群：18-55歲的近視、散光、遠視等屈光不正，希望通過手術矯正獲得更好視覺體驗的患者。
