CRCC實(shí)行總監(jiān)責(zé)任制，設(shè)有綜合業(yè)務(wù)部、機(jī)車事業(yè)部、基礎(chǔ)設(shè)施事業(yè)部、城市軌道設(shè)備事業(yè)部、投訴監(jiān)理部等5個(gè)專業(yè)部門(mén)和相應(yīng)的后勤保障部門(mén)。

為了保證認(rèn)證機(jī)構(gòu)的公正性，2003年4月成立了鐵路產(chǎn)品認(rèn)證管理委員會(huì)，2012年改為“鐵路產(chǎn)品認(rèn)證公正性管理委員會(huì)”；2011年10月又成立了“城市軌道交通裝備認(rèn)證工作委員會(huì)”。

CRCC實(shí)行主任負(fù)責(zé)制，設(shè)有綜合業(yè)務(wù)部、機(jī)車車輛事業(yè)部、基礎(chǔ)設(shè)施事業(yè)部、城軌裝備事業(yè)部和申訴監(jiān)理部等5個(gè)專業(yè)部門(mén)以及相應(yīng)的后勤保障部門(mén)。

基礎(chǔ)部以鐵道部標(biāo)準(zhǔn)計(jì)量研究所為基礎(chǔ)，主要包括：鐵路行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化研究室、鐵路專用計(jì)量室、國(guó)家軌道衡計(jì)量站、國(guó)家鐵路罐車容積計(jì)量站。