北大醫(yī)院前身為北京醫(yī)科專門學校附設診察所，后陸續(xù)更名為北京醫(yī)科大學校附屬醫(yī)院、北平大學醫(yī)學院附屬醫(yī)院等。1946年，醫(yī)院隨北平大學醫(yī)學院并入北京大學，由此得名“北大醫(yī)院”。1952年，全國高等學校院系調(diào)整，北京大學醫(yī)學院獨立建院，設立北京醫(yī)學院，后又更名為北京醫(yī)科大學，醫(yī)院隨之先后更名為北京醫(yī)學院附屬醫(yī)院、北京醫(yī)學院第 一醫(yī)院、北京醫(yī)科大學第 一醫(yī)院。2000年，北京大學與北京醫(yī)科大學再次合并，醫(yī)院隨之更名為“北京大學第 一醫(yī)院”。2008年，醫(yī)院成為中央保健基地醫(yī)院。

北大醫(yī)院學科齊全，綜合實力居于國內(nèi)前列、國際一 流，臨床醫(yī)學一級學科整體進入國家雙建設學科范圍?，F(xiàn)有4個教育部重點學科（牽頭），1個國家中醫(yī)藥管理局重點學科（牽頭），3個北京市重點學科（牽頭），7個教育部重點學科（參與）；獲批國家臨床重點?？平ㄔO項目29次，覆蓋25個學科。

北京大學第 一醫(yī)院積極拓展互聯(lián)網(wǎng)醫(yī)療、遠程醫(yī)療服務，推動實現(xiàn)優(yōu)質(zhì)醫(yī)療資源共享；探索醫(yī)療新技術，年度手術機器人超過千臺，實現(xiàn)跨海超遠程機器人手術。2023年12月18日，醫(yī)院大興院區(qū)正式投入使用，編制床位1200張，預計日門診量達5000—6000人次/日。大興院區(qū)秉持“大?？啤⑿【C合”發(fā)展理念，打造以婦女兒童醫(yī)學中心、腫瘤醫(yī)學中心、介入中心、內(nèi)鏡中心、急危重癥搶救中心為戰(zhàn)略支撐點的學科群。

北大醫(yī)院因醫(yī)學教育而生，始終堅持“立德樹人”根本任務。自1977 年至今，醫(yī)院累計培養(yǎng)本科生 3300 余人，研究生 4000 余人，其中包括碩士 2000余人、博士 2000余人。作為首批國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓示范基地，自2005年至今，累計規(guī)范化培訓住院醫(yī)師1100余人?，F(xiàn)有本科生同期在院440余人，研究生同期在院740余人，畢業(yè)后繼續(xù)教育900余人。