曾學(xué)軍教授在多項首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機(jī)構(gòu)合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國家公共衛(wèi)生規(guī)范項目之一，并于2015年成為國家推薦標(biāo)準(zhǔn)。

在醫(yī)療實踐的同時，曾學(xué)軍教授致力于臨床醫(yī)學(xué)教育，任美國內(nèi)科醫(yī)師學(xué)會（ACP）Fellow、美國醫(yī)學(xué)研究所（IOM）中國醫(yī)學(xué)教育代表。曾榮獲北京市高等教育改革二等獎、 “住院醫(yī)師心中好老師”、北京市師德先進(jìn)個人、北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院教學(xué)名師等榮譽，帶領(lǐng)普通內(nèi)科獲得2015年北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院教學(xué)團(tuán)隊稱號。2019年2月入選十大社區(qū)健康促進(jìn)首 席專家。

近年來，得益于國家對風(fēng)濕免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撐計劃/863項目、自身免疫性疾病新藥臨床評價研究技術(shù)平臺科技重大專項、衛(wèi)計委行業(yè)科研專項等支持下，以北京協(xié)和醫(yī)院牽頭，聯(lián)合全國近800家風(fēng)濕病診治中心，已初步形成系統(tǒng)性紅斑狼瘡研究協(xié)作組（CSTAR）和國家風(fēng)濕病數(shù)據(jù)中心（CRDC）的研究網(wǎng)絡(luò)，成為國內(nèi)的風(fēng)濕病研究協(xié)作組織，創(chuàng)建了中國風(fēng)濕病信息數(shù)據(jù)庫、生物樣本庫（CRIP）和規(guī)范化培訓(xùn)和多學(xué)科交流平臺（CREP），啟動了中國風(fēng)濕病學(xué)界的多中心協(xié)作研究，發(fā)布了中國風(fēng)濕病學(xué)界的規(guī)范化診治共識。

2020年8月，北京協(xié)和醫(yī)院風(fēng)濕免疫科實驗室完成了靶抗原特異性標(biāo)志物的全部項目方法學(xué)升級，由傳統(tǒng)手工、批量操作、定性檢測的酶聯(lián)免疫吸附測定（ELISA）升級為全自動、實時進(jìn)樣、高通量、定時檢測的化學(xué)發(fā)光檢測方法，可檢測自身抗體60余種。這也是國內(nèi)三甲醫(yī)院第 一條專門用于自身抗體檢測的全自動流水線，日運行通量可達(dá)1.5萬次。報告時間縮短到0.5至1個工作日，為患者的精 準(zhǔn)診斷提供了重要支撐。