曾學軍教授在多項首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機構(gòu)合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國家公共衛(wèi)生規(guī)范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。

北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科科室承擔或參與完成了數(shù)十項國家和部委的科研課題，主持和參與眾多國際、國內(nèi)多中心臨床研究以及高質(zhì)量單中心臨床研究，發(fā)表數(shù)百篇SCI收錄論文，主持制定多項風濕免疫病領(lǐng)域臨床診斷和指南，先后獲得12項國家及省部級獎勵，包括3項國家科技進步獎，出版學術(shù)專著多部。為開展具有管理科學、規(guī)范的、符合國際一 流水平的全國大規(guī)模多中心自身免疫病臨床研究奠定了堅實的基礎(chǔ)。

面對眾多前來求助的風濕病患者，北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科緊抓高質(zhì)量醫(yī)療服務(wù)不放松。針對門診及住院患者中的疑難病例，科室每周組織專業(yè)組查房進行集中會診；陸續(xù)開展線上診療、視頻三級查房，確?；颊呔歪t(yī)的連續(xù)性；建立完善多個專病門診，縮短患者診療周期，改善患者就診體驗……

重視科研是協(xié)和風濕免疫科的傳統(tǒng)?？剖?979年起就率先在全國進行自身抗體檢測的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應(yīng)用研究”獲國家科技進步三等獎；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國家科技進步三等獎；近年來，獲北京市科學技術(shù)獎、中華醫(yī)學科技獎、華夏醫(yī)學科技獎等省部級獎項共計13項。