醫(yī)院以病人為中心，全心全意為兒童服務(wù)，大力弘揚“公慈勤和”院訓(xùn)精神，涌現(xiàn)出全國道德模范、全國共產(chǎn)黨員賈立群同志等杰出代表。醫(yī)院堅持公益，始終“關(guān)注兒童、關(guān)注健康”，成立“北京兒童健康基金會”，扶助困難家庭患兒就醫(yī);組織醫(yī)療骨干參加援疆援藏任務(wù)、“人才京郊行”、大型義診活動，為偏遠地區(qū)和基層單位的兒童送醫(yī)、送藥、送健康;開展免費救治西藏先心病、唇腭裂患兒活動，舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營，讓患兒感受到社會的溫暖。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

科室團隊擁有18名醫(yī)師，1名助理研究員，其中碩士研究生導(dǎo)師1人，副高級以上職稱9人，中級職稱6人。其中博士后1人，具有博士學(xué)位者5人。

團隊成員先后承擔國家自然科學(xué)基金2項，北京市自然科學(xué)基金2項，教育部博士點基金1項；1人入選北京市人才青年拔尖計劃(高創(chuàng)計劃)，1人入選國家外專局培訓(xùn)計劃，2人入選北京兒童醫(yī)院苗圃計劃；1人科研成果入選“北京市自然科學(xué)基金十二五期間成果選編”。團隊成員共發(fā)表作者SCI論著多篇，參與編寫書籍多部及指南/專家共識多篇。

科室秉承全心全意服務(wù)于移植患兒的原則，建立移植病人檢查綠色通道，短時間完成檢查并開始，精益求精，為患兒得到質(zhì)的醫(yī)療服務(wù)和的療效而不斷努力！

目前眼科設(shè)有斜弱視、神經(jīng)眼科、角膜病、眼整形、淚道病、青光眼、白內(nèi)障、眼底病、眼腫瘤等專業(yè)。北京兒童醫(yī)院及托管醫(yī)院眼科共有病床49張，年均手術(shù)量5700余例，其中內(nèi)眼手術(shù)約1300例，每年接診來自全國各地的眼病患兒約27.8萬人次。在小兒斜弱視、近視、淚道疾病、眼整形、兒童角膜移植、眼腫瘤、眼底病篩查及、視神經(jīng)疾病、遺傳性眼病、青光眼白內(nèi)障診治、微創(chuàng)玻璃體切割手術(shù)及角膜塑形鏡、兒童RGP鏡片及特種眼鏡驗配等方面積累了豐富的經(jīng)驗。