醫(yī)院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫(yī)科大學兒科醫(yī)學院和兒科學系所在地，現有教授、副教授116人，承擔著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。
北京市級平臺：
北京市兒童外科矯形器具工程技術研究中心
兒童重大疾病北京市國際科技合作基地
◆ 北京市重點學科：
急救專業(yè)、普外專業(yè)、小兒白血病專業(yè)、中醫(yī)小兒脾胃病專業(yè)
◆ 北京市重點實驗室：
兒童耳鼻咽喉頭頸外科
兒童血液病與腫瘤分子分型
兒童呼吸道感染性疾病研究
兒童慢性腎臟病與血液凈化
出生缺陷遺傳學研究
腫瘤內科科室包括兒童實體腫瘤、兒童淋巴瘤兩個專業(yè)，住院部設置在北京兒童醫(yī)院順義院區(qū)，擁有兩個病區(qū)，分別收治兒童實體瘤、淋巴瘤病人。腫瘤內科在北京兒童醫(yī)院西城院區(qū)、順義院區(qū)，均設置有專業(yè)門診，均由專業(yè)醫(yī)生團隊出診，患者可根據需求選擇不同院區(qū)就診。
開展的特色診療項目包括特發(fā)性眼球震顫等復雜斜視的手術及發(fā)病機制研究，兒童及嬰幼兒角膜移植手術，兒童眼球震顫及白內障術后個性化視覺功能重建，早產兒視網膜病變的綜合診治，Ritleng淚道插管手術、微創(chuàng)淚道重建術、鼻內窺鏡鼻腔淚囊吻合術等復雜兒童淚道疾病、利用GORE-TEX新型材料進行額肌懸吊術兒童上瞼下垂，先天性小瞼裂綜合征微創(chuàng)手術，視網膜母細胞瘤的個性化綜合， 360°微導管引導下小梁切開術先天性青光眼等。
