個人獨資公司由于屬于一人公司的范疇，因此有其天然缺陷：

，個人獨資公司內部一人股東往往既是公司財產的實際上的所有人，同時又是公司經營管理人或實際控制著公司的經營管理的幕后指揮者。由此一來傳統(tǒng)公司組織機構的基本結構“股東會——董事會——監(jiān)事會”三會并立的體系被打破。個人獨資公司的公司意志不再是股東會依法定程序，集合分散的個別的股東意志形成，而是單一股東自身意志。單一股東直接控制、經營公司，其行為亦無監(jiān)事會監(jiān)督，難免不以不當方法或不當目的將公司財產轉至個人名下，削弱公司擔保財產，損害公司債權人利益，危害社會交易。

比如公司向股東低價轉讓標的物，或者公司從股東處高價受讓各種貨物與服務。另外，公司與公司外的第三人進行不利于公司利益的交易，而第三人則將其所獲利益轉讓給股東。又如一人股東可以按自己意志制定公司財務方案，以公司的名義付給自己高額薪金，或通過其他途徑，支付給自己各種名目的報酬。以上種種都是個人獨資公司的股東利用公司內部監(jiān)督機制的缺乏而損害債權人及雇員利益的表現(xiàn)。

第二，由于個人獨資公司僅有一名股東，背離了公司股東復數(shù)原則，股東依仗自己在公司法人制度中所處的優(yōu)勢地位，濫用有限責任特權，缺乏復數(shù)股東之間的相互制約機制，使投入公司的財產是否與股東其它財產完全分離無從考慮。而“三會”體系的虛無，更使分離原則之全部意義蕩然無存。

由此該股東侵吞公司財產便無所顧忌。如一人股東將公司流通資產貸與自己或挪作自用;與公司訂立同公司目的事業(yè)無關的契約而創(chuàng)設公司債務，加大公司之負擔;將公司財產低價售與自己或與自己有特殊關系的人，或相反，另公司高價收購自己或與自己有特殊關系的人的財產;為自己或與自己有特殊關系的人確定過高的薪水?？傊?，公司之一人股東可通過各種渠道將公司財產流失于公司之外，使公司空殼運轉。這意味著公司無承擔投資風險的責任財產，而股東還可以享受有限責任特權之保護，從而使公司債權人或社會公眾承擔極不公平的風險。